LncRNA測序（人/小鼠/大鼠）10-12G

LncRNA測序（人/小鼠/大鼠）10-12G

服務介紹：

lncRNA（Long non-coding RNA ，長鏈非編碼RNA）是生物體(ti) 內(nei) 一類長度大於(yu) 200個(ge) 堿基的非編碼線性RNA，廣泛存在與(yu) 真核生物細胞中。在表觀遺傳(chuan) 、轉錄以及轉錄後等多種水平上對生命活動進行關(guan) 鍵性的調控，並且與(yu) 癌症等多種疾病的發生發展存在密切的關(guan) 係。

實驗流程：

樣本處理-TotalRNA抽提與(yu) 質檢-去除rRNA-構建dUTP鏈特異性文庫-PE150測序-數據分析； 

送樣運輸要求：

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品的量：新鮮組織 ≥300mg, 細胞樣品≥1×107個(ge) ,  RNA樣品需提供5μg以上的總RNA

3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存後，-80℃保存。RNA樣品可溶於(yu) 乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反複凍融。

5）樣品運輸：樣品置於(yu) 1.5 ml管中，封口膜封好，幹冰運輸。 

主要問題：

1. lncRNA有什麽(me) 功能?主要用於(yu) 那些研究?

主要有四方麵功能:第一，影響周邊基因的表達；第二，調控蛋白質活動及定位；第三，產(chan) 生小分子RNA；第四，對其它tRNA的調控作用。

lncRNA適用於(yu) 疾病特異標誌物尋找，功能基因組研究等。

2. lncRNA的建庫方案?

長非編碼RNA建庫主要采用ribozero kit去除rRNA，根據客戶需求建鏈特異性文庫or普通文庫。

3. 為(wei) 什麽(me) 要去rRNA?

RNA測序其實想得到的是mRNA和lncRNA的信息，但是總RNA當中絕大部分都是rRNA，這些RNA的信息是無用的，所以需要去掉。

4. 什麽(me) 是鏈特異性文庫?

鏈特異性文庫是在RNA-seq文庫構建時，經過簡單處理，在合成第二條cDNA鏈時，替換dTTP為(wei) dUTP，加上接頭後降解第二條鏈。與(yu) 普通文庫相比，鏈特異建庫可以幫助我們(men) 確定轉錄本來自正鏈還是負鏈，使得反義(yi) 轉錄本的定量更為(wei) 準確。

5. 為(wei) 什麽(me) 不用oligo(T)的方法提取RNA?

大部分的lncRNA不含polyA，但是還有24%左右的lncRNA含有polyA。

6. 測序的數據量要求多少?

測序模式：2×150bp；數據量：10G/sample。

7. LncRNA-seq中的數據是否同時有lncRNA和mRNA?

根據rRNA去除的建庫方案，測序結果中既包含lncRNA，也包括mRNA，所以客戶在做lncRNA項目的同時，也可以利用同一套測序數據進行mRNA的分析。

8. lncRNA-seq分析內(nei) 容有哪些?

分析報告包括：測序數據質量分析、參考基因組比對分析、轉錄組組裝與(yu) 新轉錄本預測、新長鏈非編碼RNA預測、已知轉錄本和新長鏈非編碼轉錄本的差異表達、長鏈非編碼 RNA 靶標基因預測、差異基因功能分析、以及GSEA富集分析。

9. lncRNA在動物中的研究主要集中在那些方麵?

lncRNA在四足動物(兩(liang) 棲類，爬行類，鳥類，哺乳類)中都有報到，但是主要集中在人和小鼠中，主要與(yu) 癌症，神經係統類疾病以及其他綜合症疾病相關(guan) ，有報道的主要相關(guan) 疾病列表如下:癌症(肝癌，食道癌，前列腺癌，白血病，肺癌，結腸癌，B細胞瘤，卵巢癌，乳腺癌，皮膚癌，內(nei) 分泌性腫瘤)，神經係統類疾病(精神分裂症，Prader-Willi綜合症，自閉症)，綜合症類疾病(DiGeorge綜合症，Russell-Silver綜合症，Beckwith-Wiedemann綜合症)

10. lncRNA在植物方麵的研究主要有哪些?

植物方麵，在擬南芥，水稻，玉米，小麥等植物中檢測了lncRNA。lncRNA在植物中的調控機製可能有四種:靶基因相似，轉錄幹擾，RPC2相關(guan) 的組蛋白和DNA甲基化，主要與(yu) 植物開花，雄性不育，脅迫反應，營養(yang) 代謝相關(guan) 。