常規smallRNA 10M

常規smallRNA 10M

服務介紹：

miRNA（micro RNA，微小RNA/微RNA）：是廣泛存在於(yu) 真核生物中的一類內(nei) 源的、長度約為(wei) 20~25個(ge) 核苷酸的非編碼RNA，其通過與(yu) 靶RNA特異性結合導致靶RNA翻譯抑製或降解，從(cong) 而調控蛋白的翻譯過程。

實驗流程：

樣本準備-RNA抽提與(yu) 質檢-文庫構建-上機測序

送樣運輸要求：

樣本要求：

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品的量：新鮮組織 ≥300mg, 細胞樣品≥1×107個(ge) ,  RNA樣品需提供10μg以上的總RNA

3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存後，-80℃保存。RNA樣品可溶於(yu) 乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反複凍融。

5）樣品運輸：樣品置於(yu) 1.5 ml管中，封口膜封好，幹冰運輸。 

相關(guan) 問題：

1. 小RNA（small RNA）的種類有哪些？

Small RNA包括三類，microRNA（miRNA）、small interfering RNA（siRNA）和piRNA。

miRNA：長度為(wei) 20-24個(ge) 核苷酸的小RNA，是發夾結構約70-90個(ge) 核苷酸的前體(ti) RNA經Dicer酶加工後形成。miRNA主要是通過和AGO蛋白結合，通過堿基互補配對的方式和mRNA結合，通過剪切mRNA ORF區域或結合在UTR區對mRNA翻譯過程進行抑製，從(cong) 而調控生物體(ti) 內(nei) 蛋白的合成。

siRNA：20-25個(ge) 核苷酸的雙股RNA，參與(yu) RNA幹擾。

piRNA：與(yu) piwi蛋白相互作用的RNA，長度大約26-31個(ge) 核苷酸。主要存在於(yu) 哺乳動物的生殖細胞和幹細胞，通過與(yu) piwi亞(ya) 家族蛋白結合形成piRNA複合物（piRC）來調控基因沉默途徑。

2. Small RNA測序，樣本有什麽要求？

樣品類型：細胞、新鮮組織、血液RNA樣品。

樣品量：細胞樣品請提供至少1×107個(ge) 細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

3. 做miRNA預測，若樣本是血清血漿，一般需要多少樣本量？

賽維爾可做血清血漿miRNA預測，但是由於(yu) 不同樣本差異較大，如果提取的RNA量太少，不能保證後續測序可以進行。提取一次RNA需要血清500uL，一般需要客戶提供2mL的血清樣本，血清和血漿需要客戶自己分離。

4. 若客戶提供RNA做miRNA預測，樣本量和濃度有什麽要求？

樣本要求：OD值260/280：1.8~2.0；濃度：100ng/uL左右；總量：2ug左右。

5. smallRNA的 測序模式？

測序模式是1×50，5~10M reads/sample。

6. miRNA的主要分析內容有那些？新miRNA預測需要參考基因組嗎？

原始測序結果分析、序列比對、新miRNA預測、miRNA差異表達分析、差異miRNA靶標基因預測，差異靶標基因GO和KEGG功能分析，Disease注釋功能分析，Reactome通路分析，蛋白質互作網絡圖，miRNA家族分析，miRNA 突變檢測。新miRNA預測需要參考基因組。