深度解析：新一代測序，今年發生了哪些巨變

上海信帆生物：

花開花落，又是一年，是時候盤點一下新一代測序領域的新變化了。自今年2月份以來，測序儀(yi) 並沒有太大的變化，但也不是說一切都是老樣子。新的樣品製備儀(yi) 器正揭開麵紗，而測序讀長更是逆了天。

羅氏454

454生命科學曾在2013年宣布，計劃在2015年停止測序硬件的銷售。據羅氏診斷的測序Susan Ulanowicz介紹，該公司將支持其硬件直到2016年底，而不是之前報道的2016年年中。

不過，羅氏NimbleGen仍在開發NGS的樣品製備工具。1月，它推出了SeqCap Epi序列富集係統，以捕獲甲基化的基因組DNA。zui近，NimbleGen更推出了SeqCap RNA富集係統，利用寡核苷酸來富集特定部分的轉錄組。

據羅氏NimbleGen的營銷總監Ji Wu介紹，SeqCap RNA富集係統有三個(ge) 版本可以選擇：lncRNA設計捕獲17.35 Mb，代表32,808個(ge) lncRNA和TUCP轉錄異構體(ti) ；以及兩(liang) 個(ge) 定製版本，從(cong) 低至10 ng總RNA中捕獲7 Mb至200 Mb的序列。“它降低了測序的成本，並提高了發現和鑒定新穎外顯子、剪接變體(ti) 、突變和基因融合的能力，”Wu談道。

Illumina

Illumina負責測序係統的產(chan) 品營銷Joel Fellis表示，Illumina在今年有一些測序試劑的更新。

本月發售的HiSeq Rapid v2 Reagent Kit適用於(yu) HiSeq 2500，它將快速運行模式下的讀長提高至2 x 250 bp（雙端），能在60小時內(nei) 帶來300 Gb。

HiSeq X HD v2 Reagent Kit也將在11月發布。它讓研究人員能夠更快地製備測序文庫，而無需PCR擴增。Fellis表示：“為(wei) 了獲得*的基因組組裝，我們(men) 建議使用TruSeq DNA PCR-Free kit。因為(wei) 它帶來了挑戰性區域的出色覆蓋，比如那些GC含量高的區域。”

7月，Illumina發布了TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit，這是Illumina兩(liang) 年前收購的Moleculo技術的商業(ye) 化產(chan) 品，而之前僅(jin) 作為(wei) 服務提供。Fellis解釋道，試劑盒通過計算的方式從(cong) Illumina短讀取技術中產(chan) 生長讀取數據。這些信息將有助於(yu) 染色體(ti) 定相（phasing）和de novo組裝。

NextSeq 500是Illumina在今年推出的新產(chan) 品。Fellis表示，明年上半年將發布試劑升級。在zui近召開的美國人類遺傳(chuan) 學學會(hui) 的會(hui) 議上，科學家展示了新試劑為(wei) NextSeq 500帶來HiSeq水平的準確性。“比之前的試劑相比，您將獲得更加準確的數據，”他說。

Ion Torrent

Ion Torrent的Ion PGM™ 和Ion Proton™ 儀(yi) 器如今歸在賽默飛世爾旗下，zui近也有一些試劑升級。

賽默飛在第三季度發布了新的Hi-Q™ DNA聚合酶，有望明顯減少插入缺失的錯誤率。據Ion Torrent的產(chan) 品Andy Felton介紹，對於(yu) 金黃色葡萄球菌，插入缺失錯誤率下降94%，而大腸杆菌也下降80%。對於(yu) 基因panel，這要看情況而定。Felton提到一個(ge) 含有2300個(ge) PCR擴增子的重測序panel，插入缺失錯誤率大約下降43%。目前，適用於(yu) Ion PGM的Hi-Q已推出，而Ion Proton的配方應該在2015年上半年推出。

另一個(ge) 新產(chan) 品是Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit，一個(ge) 基於(yu) PCR的序列富集工具，能在每個(ge) 反應中捕獲並測序代表2萬(wan) 個(ge) 人類轉錄本的擴增子。這種試劑主要是麵向轉錄本計數，而非異構體(ti) 分析。Felton表示：“我們(men) 認為(wei) 這是測定癌症樣本中基因表達變化的一個(ge) 偉(wei) 大方式，因為(wei) 能夠從(cong) 10 ng FFPE DNA開始。”

今年3月，賽默飛還推出了Ion Chef™，一台全自動的儀(yi) 器，能自動完成PGM和Proton的克隆擴增和芯片上樣。據Felton介紹，適用於(yu) Proton的PII芯片仍在開發之中，預計產(chan) 量在2億(yi) 至3億(yi) 個(ge) 100-bp的讀取，適合RNA-Seq等應用。

Oxford Nanopore Technologies

多虧(kui) 了MinION試用計劃（MAP），用戶終於(yu) 可以將U盤大小的MinION測序儀(yi) 拿回家了。一些用戶已經發表了他們(men) 的結果。衝(chong) 繩縣工業(ye) 技術中心的Alexander Mikheyev和Mandy Tin在8月發表文章，稱這台儀(yi) 器的通量低，錯誤率高。

Oxford Nanopore並沒有對此事作出回應。不過，計算生物學家Keith Robison在其博客中寫(xie) 道：“Mikheyev和Tin未能探索各種各樣的參數或關(guan) 注MAP社區，而是匆匆趕製出這篇論文，因此，他們(men) 的分析有很大的缺陷。”

同時，Oxford Nanopore也在擴大它的儀(yi) 器產(chan) 品線。的成員是PromethION，一種平板大小的台式測序儀(yi) 。它能夠在大量的納米孔中運行少量樣品，或在數千個(ge) 納米孔傳(chuan) 感通道中平行運行多個(ge) 樣品。

Pacific Biosesciences

上個(ge) 月，Pacific Biosesciences宣布推出的試劑，名為(wei) P6-C4（即第6代的聚合酶和第4代的試劑）。這種新試劑可以將PacBio的平均讀長提高到10,000至15,000 bp，zui長讀長甚至超過40,000 bp。

據介紹，升級後每個(ge) SMRT Cell的有效數據產(chan) 出量有望達到500M至1000M。“通過每次儀(yi) 器運行時提供更大量的長讀取，新試劑讓用戶能夠更高質量地組裝基因組。”PacBio的長讀取技術在定位轉錄本結構和傳(chuan) 染病監控等應用上很受歡迎。zui近，一些研究也證實了這項技術與(yu) de novo基因組組裝兼容。

第三方工具

測序供應商可不僅(jin) 僅(jin) 是那些生物試劑測序儀(yi) 的廠家。瑞士自動化公司Tecan在9月宣布推出Freedom EVO® NGS工作站，適用於(yu) Illumina和Ion Torrent的文庫製備。據Tecan介紹，Freedom EVO NGS工作站可為(wei) 沒有任何經驗的用戶提供文庫製備、核酸定量、qPCR體(ti) 係構建，濃度均一化，樣本匯集和捕獲等過程的自動化。

安捷倫(lun) 科技公司的SureSelect靶向序列捕獲試劑盒一直挺受歡迎。6月，它宣布推出新的SureSelectQXT試劑盒，這是個(ge) 革命性的NGS靶向序列捕獲方案，能夠短短7小時內(nei) 從(cong) 50 ng基因組DNA中產(chan) 生測序即用的文庫。

新一代測序已經迎來了越來越多的觀眾(zhong) ，而他們(men) 對工具的需求也在推動儀(yi) 器不斷發展。因此，如果明年有更多的新產(chan) 品問世，請不要驚訝。www.223657.com elisa試劑盒，進口elisa試劑盒，國產(chan) elisa試劑盒，elisa試劑盒價(jia) 格，農(nong) 殘檢測試劑盒，血清，進口血清 -ky体育亚洲杯