染色質免疫共沉澱（CHIP）實驗檢測

ChIP實驗研究轉錄因子，調控因子結合的DNA和組蛋白結合的NDA操作上最大的區別是什麽(me) ？

ChIP實驗中由於(yu) 組蛋白在染色質中表達相對較高，表達也較穩定，轉錄調控因子表達水平很低，往往是瞬時表達。所以組蛋白研究起來更為(wei) 容易，一般需要105-106個(ge) 細胞即可完成一個(ge) ChIP反應。研究起始樣本量（細胞，組織）要是組蛋白的10倍，一般每個(ge) 反應至少需要107個(ge) 細胞。另外有些轉錄因子比較大，往往結合多個(ge) 核小體(ti) ，因此在染色質斷裂的時候，不太適合使用酶法的處理方式，建議使用超聲斷裂染色質的方法。因為(wei) 酶法是化學處理，消化的位點往往比較均一，多是在核小體(ti) 的連接處，酶消化有可能將核小體(ti) 斷裂的同時打斷轉錄因子與(yu) DNA的結合。

ChIP實驗中使用超聲方法斷裂染色質溫度不易控製，可能會(hui) 使蛋白變性，影響ChIP結果，有沒有較好的優(you) 化方案？

ChIP實驗中超聲的優(you) 化一般從(cong) 如下幾個(ge) 方麵考慮：

1 不建議重複已發表的剪切方案而不進行優(you) 化。當儀(yi) 器不同於(yu) 文獻中所使用的儀(yi) 器時，尤其如此。

2 目前有各種超聲破碎儀(yi) 器，水浴和基於(yu) 探頭的。在使用基於(yu) 探頭的超聲破碎儀(yi) 時，選擇一個(ge) 適用於(yu) 您的樣品體(ti) 積的探頭。

3 在任何情況下，剪切參數都應當根據您的樣品體(ti) 積、細胞密度和細胞類型而優(you) 化。

4 優(you) 化應當包括功率設置（超聲時間 vs. 間隙時間/休息時間）以及獲得長度為(wei) 200 – 1000 bp的DNA片段所需的剪切循環數，每個(ge) 優(you) 化實驗隻優(you) 化一種參數；

5 注意時間和功率設置。過度破碎和太高功率設置會(hui) 損害在免疫沉澱步驟中的表位。降低ChIP信號。

6 始終保持裂解液冰冷，間斷超聲，而不是連續，因為(wei) 超聲處理產(chan) 生熱量會(hui) 使染色質變性。

7 在超聲破碎過程中避免氣泡。泡沫會(hui) 導致蛋白質的表麵變性，可能使染色質損失在氣泡中。為(wei) 了避免這種情況，一開始設為(wei) 較低功率，再逐步提高。

8 在優(you) 化條件時，每個(ge) 超聲破碎循環後通過瓊脂糖凝膠電泳分析DNA片段的長度。剪切不足所產(chan) 生大的不溶蛋白質:DNA:RNA複合物可能堵塞瓊脂糖凝膠的孔，並延緩電泳過程。通過消化蛋白質、逆轉交聯、酚:氯仿提取和沉澱來純化DNA。

染色質免疫共沉澱（CHIP）實驗檢測