蛋白印跡(Western blotting/protein blotting)用於分離和檢測生物樣本中的某一特定蛋白,其基本原理是通過凝膠電泳分離混合蛋白質樣本,將其在特殊虹吸或電場裝置印跡(blot)至固相介質上,即將凝膠與固相介質(濾膜)貼合,可使凝膠中已分離的各蛋白條帶轉移至固相介質的相應位置;而後根據抗原-抗體特異性結合的原理,將針對特定蛋白的特異性酶聯抗體作用於濾膜,使目的蛋白與抗體特異性結合,最後利用偶聯的酶降解底物生成有色沉澱物或產生化學發光產物,從而在濾膜上顯示蛋白的存在及量。
DNA 印跡(Southern blotting)技術主要用於檢測基因組中某一特定 DNA 片段,其基本原理是首先由限製性內切酶作用於染色體基因組,獲得若幹大小不一 DNA 片段,通過瓊脂糖凝膠電泳各 DNA 片段根據大小不同得以分離。在印跡裝置中,DNA 在堿性緩衝液中變性為單鏈 DNA(ssDNA),在瓊脂糖凝膠上方覆蓋一層硝酸纖維素濾膜或尼龍膜,DNA 由於毛細效應隨緩衝液向上到達濾膜,則將 DNA 條帶轉移到濾膜上。隨後以放射標記的目的基因特異性 DNA 探針與濾膜孵育,最後通過放射自顯影法使目的 DNA 條帶顯示在膠片上。隨著免疫學技術的進步,也可采用酶標抗體法檢測探針中標記的,利用酶作用於底物顯色,進而反映目的 DNA。Southern blotting 在闡明免疫球蛋白和 T 細胞抗原受體(TCR)的多樣性中發揮了至關重要的作用。
與 Southern blotting 相對應,RNA 印跡(Northern blotting)用於檢測樣本中特異性 mRNA 分子。mRNA 首先被變性成為非折疊線性形式,而後根據片段大小由凝膠電泳予以分離,而後轉移至硝酸纖維素膜上。濾膜隨之與放射標記的 DNA/RNA 探針雜交,通過放射自顯影,顯示特異性 mRNA 分子的存在。Northern blotting 技術通常用於檢測特定 mRNA 的細胞表達水平。